Несмотря на то, что Population Zero является многопользовательским симулятором выживания, квесты в игре будут играть важную роль. В начале игроков ждут обучающие задания, которые позволят разобраться с базовым механикам и познакомят с особенностями игры.
Одни обучат необходимым для выживания действиям, другие поведают об основных навыках и технологиях, а третьи расскажут о создании базовых предметов. При этом помогать колонистам будет ИИ-помощник Гордон. Позже появятся квесты, связанные с мутациями и различными активностями.
После того, как игрок достаточно освоится в Population Zero, квесты станут более нарративными и нелинейными и начнут раскрывать тайны мира игры. Их можно будет получить из запискок, а также добравшись до точки интереса, добыв особый ресурс или вступив в бой с экзотическим монстром. Эти квесты помогут лучше узнать историю Кеплера.